En 1907, Jean-Baptiste Charcot lance une nouvelle expédition antarctique et débute la construction d'un nouveau Pourquoi-Pas?, le quatrième du nom, bateau d'exploration polaire de 40 mètres gréé en trois-mâts barque, équipé d'un moteur et comportant trois laboratoires et une bibliothèque. Il est construit à Saint-Malo sur les plans de François Gautier, sur son chantier.
Il quitte le Havre le 15 août 1908 pour aller hiverner sur l’île Petermann pour une deuxième expédition polaire qui sera fructueuse. Il est de retour en France en juin 1910. Le tracé de la Terre Alexandre est accompli et une nouvelle terre est découverte, la Terre de Charcot. En 1912, le Pourquoi-Pas? IV devient le premier navire-école de la marine française.
Navigazette Hebdomadaire n° 1314, jeudi 2 juillet 1914, p. 6, en rubrique Chronique maritime – Navigation:
« Le Pourquoi-Pas ? vient de reprendre armement à Saint-Servan afin de continuer les campagnes scientifiques méthodiquement poursuivies depuis quelques années. A bord de ce navire embarquent également un certain nombre de lieutenants au long-cours qui, sous la direction de M. le professeur d’hydrographie Ch. Bertin, préparent leur examen pratique de capitaine au long-cours dans des conditions particulièrement favorables. Deux séries de quinze officiers de la marine marchande prendront ainsi successivement passage à bord du Pourquoi-Pas? Grâce à ces heureuses dispositions, le Pourquoi-Pas? rend aussi des services très utiles tant en ce qui concerne les recherches océanographiques, dirigées par le docteur Charcot, qu’en ce qui concerne l’instruction professionnelle des états-majors de notre marine marchande. »
Ouest-Éclair – éd. de Caen –, n° 7073, vendredi 13 décembre 1918, p. 3, en rubrique Nouvelles maritimes:
«Paris, 11 décembre 1918. Après avoir porté le pavillon français jusqu'aux abords du Pôle Sud, sous le commandement du docteur Charcot, le petit voilier mixte Pourquoi-Pas ? était devenu la propriété du ministère de l'Instruction publique. Il servait d'école pratique pour les candidats au brevet de capitaine au long-cours. En octobre 1916, il fut mis à la disposition de la Marine, qui embarqua à son bord les officiers mariniers se préparant aux fonctions de chef de quart. Les circonstances permettant de rendre le Pourquoi-Pas? à sa destination normale, M. G. Leygues vient d'en informer son collègue de l'Instruction publique, en le remerciant d'avoir prêté à la Marine militaire un navire qui lui a été extrêmement utile. »
De 1918 à 1925, Charcot effectue, avec le Pourquoi-Pas? IV, des missions scientifiques en Atlantique nord, en Manche, en Méditerranée et aux îles Féroé, principalement pour des études de lithologie et de géologie sous-marine au moyen de dragages, dont Charcot a mis au point le matériel et les méthodes. À partir de 1925, atteint par la limite d'âge, Charcot perd le commandement du navire, mais demeure à bord en qualité de chef des missions. Le navire effectue de multiples navigations vers les glaces de l'Arctique. En 1926, Charcot avec le Pourquoi-Pas? IV explore la côte orientale du Groenland et ramène une abondante récolte de fossiles et de nombreux échantillons d'insectes et de flore. En 1928, le Pourquoi-Pas? IV part à la recherche du gros hydravion français Latham 47 disparu avec à son bord le grand explorateur norvégien Roald Amundsen alors qu'eux-mêmes étaient à la recherche du général italien Umberto Nobile parti survoler le pôle nord à bord du dirigeable Italia et dont on était sans nouvelle, sans parvenir à le retrouver. En 1934, Charcot avec le Pourquoi-Pas? IV installe au Groenland la mission ethnographique dirigée par Paul-Émile Victor, qui séjourne pendant un an à Angmagssalik pour vivre au milieu d'une population eskimo. En 1935, Charcot avec le Pourquoi-Pas? IV revient chercher Victor et ses trois compagnons (Gessain, Pérez et Matter) et poursuit l'établissement de la cartographie de ces régions. Le 16 septembre, un véritable cyclone ravage les côtes de l’Islande mais le bateau parvient à se réfugier dans un petit port. En septembre 1936, de retour de mission au Groenland, où il est allé livrer du matériel scientifique à la mission de Paul-Émile Victor qui vient de traverser l'inlandsis en 50 jours, après avoir rempli une mission de sondage, le Pourquoi-Pas? IV fait une escale à Reykjavik le 3 septembre pour réparer sa chaudière. Ils repartent le 15 septembre pour Saint-Malo, mais le bateau est pris le 16 septembre dans une violente tempête cyclonique et se perd corps et biens sur les récifs d'Alftanes à Myrar. Le naufrage fait 23 morts, 17 disparus et un seul survivant (Eugène Gonidec, un maître timonier) qui rédige le dernier rapport sur le naufrage. Jean-Baptiste Charcot y périt à l'âge de 69 ans.